A 6ª CJM foi criada pelo Decreto n. 14.450, de 30 de outubro de 1920, abarcando os estados de Rio de Janeiro e Espírito Santo e o Distrito Federal, e composta por sete auditorias: quatro do Exército e três com jurisdição na Armada. Pelo Decreto n. 17.231, de 26 de fevereiro de 1926, tornou-se a Primeira Circunscrição, composta pelos mesmos estados e cinco auditorias: três do Exército e duas da Armada. A Sexta Circunscrição passou a ser integrada pelos estados de Bahia e Sergipe, com sede em Salvador. Com o Decreto n. 925, de 2 de dezembro de 1938, cada Região Militar correspondeu a uma Auditoria, com jurisdição cumulativa no Exército e na Armada, passando a ser a primeira Região. Por fim, com o Decreto n. 1.003, de 21 de outubro de 1969, Lei de Organização Judiciária Militar, a Sexta Circunscrição foi composta por Bahia e Sergipe e se criou uma auditoria.