A Lei n. 3.991, de 5 de janeiro de 1920, publicada no Boletim do Exército n. 286 na mesma data, autorizou a reorganização da Justiça Militar. Com isso, as Auditorias Militares puderam ser criadas.
Mediante o Decreto n. 14.450, de 30 de outubro de 1920, que aprovou o Código de Organização e Processo Militar, foram criadas 12 (doze) Circunscrições Judiciárias, sendo a 6ª Circunscrição correspondente aos Estados do Espírito Santo e Rio de Janeiro e o Distrito Federal.
O Decreto n. 15.635, de 26 de agosto de 1922, que trouxe modificações ao Código de Organização e Processo Militar, manda observar o decreto anterior no tocante às Circunscrições Judiciárias.
Em 26 de fevereiro de 1926, o Decreto n. 17.231-A alterou para 11 (onze) o número de Circunscrições Judiciárias, passando então a corresponder a 1ª Circunscrição ao Distrito Federal e aos Estados do Espírito Santo e Rio de Janeiro. Esse decreto estabeleceu ainda que a 1ª CJM tivesse cinco auditorias, sendo três do Exército e duas da Armada.
Com o advento do Decreto n. 24.803, de 14 de julho de 1934, ficou determinado que as Auditorias deveriam ter a denominação da respectiva Região Militar. Logo, as Auditorias da 1ª CJM passaram a se denominar Auditorias da 1ª Região Militar. Esse decreto estabeleceu ainda que a 1ª Região Militar tivesse cinco auditorias, sendo três do Exército e duas da Marinha.
O Decreto n. 925, de 2 de dezembro de 1938, determinou que, para a administração da Justiça Militar, haveria, em cada Região, uma Auditoria com jurisdição cumulativa no Exército e na Armada. Mas, na Capital Federal, sede da 1ª Região, ficou estabelecido que haveria cinco auditorias, três com jurisdição privativa para os processos do Exército e duas para os da Armada.
Em 21 de outubro de 1969, o Decreto n. 1.003 dividiu o território nacional em doze Circunscrições Judiciárias Militares, sendo a 1ª Circunscrição constituída pelos Estados da Guanabara, Rio de Janeiro e Espírito Santo, e as três auditorias relativas aos processos do Exército passaram a se denominar 1ª, 2ª e 3ª Auditorias do Exército da 1ª Circunscrição Judiciária Militar, mas sem alteração na sua área de jurisdição, conforme instrução dada pela Lei n. 5.661, de 16 de junho de 1971.
Em 19 de outubro de 1993, pela Lei n. 8.719, voltaram a ter a denominação de 3ª, 4ª e 5ª Auditorias da 1ª CJM.
Em 19 de dezembro de 2001, com o advento da Lei n. 10.333, a 5ª Auditoria da 1ª CJM foi extinta.