Com o advento da República, deu-se a extinção do Conselho Supremo Militar e de Justiça. A Carta republicana de 1891 não inseriu, no título destinado ao Poder Judiciário, nenhuma referência à Justiça Militar, apenas prevendo, em seu artigo 77, foro especial para os crimes militares de terra e mar, preconizando a existência do Supremo Tribunal Militar e dos Conselhos destinados ao julgamento de delitos.Segundo Bastos (1981), até 1893, a presidência do Conselho era exercida pelo chefe de Estado. Assim, pela presidência passaram o príncipe regente Dom João, os imperadores Pedro I e Pedro II e os marechais Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto.Em 18 de junho de 1893, pelo Decreto Legislativo nº 149, foi regulamentado o Supremo Tribunal Militar, com a composição de quinze ministros, sendo quatro da Armada, oito do Exército e três togados. Também foi regulado, pelo mesmo decreto, o exercício da presidência do Tribunal, que coube ao "general" mais graduado que dele fizesse parte.O Decreto nº 14.450, de 30 de outubro de 1920, que instituiu o Código de Organização Judiciária e o Processo Militar, reduziu a nove o número de ministros do Supremo Tribunal Militar, sendo dois da Armada, três do Exército e quatro togados, estes escolhidos entre os auditores de segunda entrância ou entre bacharéis em direito com seis anos de prática, de preferência magistrados. O mesmo decreto inovou ao prescrever a eleição do presidente e do vice-presidente da Corte. Em 1926, ocorreu nova alteração pelo Decreto nº 17.231-A, que instituiu o Código de Justiça Militar, aumentando o número de ministros para dez, agora três do Exército, dois da Armada e cinco entre magistrados e bacharéis em direito.Foi a Constituição de 1934 que atribuiu ao Supremo Tribunal Militar o status de órgão do Poder Judiciário. Com isso, foi eliminada a competência administrativa, mantendo-se a função jurisdicional. Permaneceu, todavia, na esfera infraconstitucional o disciplinamento de sua estrutura e funcionamento. Nesse mesmo ano, o número de ministros foi, mais uma vez, aumentado, passando a onze (Decreto nº 24.803, de 14 de julho): quatro tirados entre os generais efetivos do Exército e três dentre os da Armada, e quatro civis, sendo três tirados entre os auditores e um entre os cidadãos de notável saber especializado em ciências sociais.A criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, exigiu nova modificação na estrutura do Supremo Tribunal Militar para inclusão de integrantes daquela Força. O Decreto-Lei nº 4.235, de 6 de abril de 1942, manteve em onze o número de membros, sendo três do Exército, dois da Armada, dois da Aeronáutica e quatro civis.Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.

Durante a Segunda Guerra Mundial, a Justiça Militar da União (JMU) esteve presente no teatro de operações. A atuação da JMU foi realizada em três níveis: Conselho Supremo de Justiça Militar (CSJM), Conselhos de Justiça e Auditorias. O Conselho Supremo era a instância superior e tinha competência para julgar os oficiais-generais e os coronéis. Os Conselhos de Justiça eram criados para cada caso e dissolvidos logo em seguida; processavam e julgavam os oficiais até o posto de tenente-coronel. Às Auditorias coube o indiciamento e o julgamento de praças e civis e a instrução criminal dos autos em que figurassem como réus oficiais até o posto de tenente-coronel.