Napoleão, ao conquistar quase toda a Europa Ocidental, promoveu uma verdadeira guerra contra um antigo inimigo francês: a Inglaterra, país mais rico à época. As batalhas travadas não conseguiram tirar a supremacia inglesa, que gozava de uma posição peninsular que lhe dava enorme vantagem nos combates.A solução, para tentar quebrar essa superioridade dos ingleses, foi econômica. A Franca impôs um bloqueio continental: a Europa não podia mais comercializar com a Inglaterra. Portugal, todavia, era a brecha dessa restrição. Assim, em novembro de 1807, tropas francesas avançaram sobre o país, obrigando o príncipe regente, Dom João, a tomar uma rápida decisão: fugir para o Brasil.A chegada da Família Real Portuguesa trouxe todo um aparato burocrático-administrativo e cultural à colônia: ministros, conselheiros, juízes da Corte Suprema, arquivos do governo, várias bibliotecas, patentes do Exército e da Marinha começaram a fazer parte do cotidiano colonial.A ocupação francesa em Portugal fez a Coroa tomar decisões condizentes com a nova realidade. Logo após sua chegada, em 28 de janeiro de 1808, promulgou-se uma carta régia, que impunha a abertura dos portos brasileiros a outras nações, colocando fim a um monopólio colonial de mais de 300 anos.Com o alvará de 1º de abril de 1808, o Brasil organizou sua justiça militar ao criar o Conselho Supremo Militar e de Justiça, que se dividiu em dois ramos: o Conselho Supremo Militar e o Conselho de Justiça. O primeiro ramo tratava de assuntos administrativos referentes ao Exército e à Marinha, como requerimentos, cartas-patentes, promoções, soldos, reformas, nomeações, lavratura de patentes e uso de insígnias.Ao segundo ramo competia julgar, em última instância, os processos criminais dos réus sujeitos ao foro militar, depois de os processos terem passado pelo Conselho de Guerra, primeira instância da justiça castrense.O Conselho Supremo de Justiça Militar foi extinto apenas em 1891, dessa forma perpassou parte do período colonial, todo o Império e início da República, transformando-se, com a nova Constituição, em Supremo Tribunal Militar.