Nos primeiros anos da República, a justiça militar permaneceu com a mesma estrutura herdada do Império. O artigo 77 da Constituição de 1891 cita, entretanto, que os militares de terra e mar gozarão de foro especial, o qual será regulado por lei. A regulamentação ocorre com o Decreto nº 149, de 18 de julho de 1893, que altera o nome do órgão máximo da justiça militar para Supremo Tribunal Militar.
O corpo militar, assim como no final do Império, permanece sendo um foco de instabilidade governamental na Primeira República: a Revolta da Armada de 1893/94, a Revolta da Escola Militar em 1904, a Rebelião na Fortaleza de Santa Cruz em 1905, a Revolta da Chibata de 1910 datam desse período.
Na década de 1920, os militares se mantêm cada vez mais articulados, prova disso são o movimento tenentista e a Coluna Prestes. Em 1930, uma junta militar derruba o presidente Washington Luís e governa o Rio de Janeiro por dez dias até passar o poder a Getúlio Vargas.
Vargas, em 1932, enfrenta uma revolta constitucionalista em São Paulo; em 1935, os comunistas tentam tomar o poder no Rio Grande do Norte, no Rio de Janeiro e em Recife; após a tentativa de golpe por parte da esquerda, a justiça militar ganha um novo órgão: o Tribunal de Segurança Nacional, este se junta ao Supremo Tribunal Militar, que faz parte do Poder Judiciário desde a Constituição de 1934.
Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.
Por fim, os acontecimentos republicanos demonstraram que o papel da justiça militar brasileira foi relevante e que deve ser estudado para se compreender a complexa história do nosso país.
