A chegada da Família Real Portuguesa trouxe todo um aparato burocrático-administrativo e cultural à colônia. Em 1808, com o Alvará de 1º de Abril, é criado o Conselho Supremo Militar e Justiça, um tribunal de segunda instância, que se dividiu em Conselho Supremo Militar e Conselho de Justiça. Acumulava duas funções: uma de caráter administrativo e outra de caráter judicial, além de centralizar a administração da justiça militar do Exército e da Marinha.
A proclamação da independência faz a justiça militar se tornar mais relevante, principalmente após a Confederação do Equador e a Guerra da Cisplatina. Essas batalhas desestabilizam o governo de D. Pedro I, que abdica em 1831. Após a abdicação, é montada uma regência e um período de grande instabilidade se inicia.
O período regencial é marcado por diversas revoltas e que continuam mesmo após a coroação de D. Pedro II, datam desse período: a Abrilada em Pernambuco, a Cabanagem e a Cabanada no Pará, Guerra dos Farrapos no Rio Grande do Sul, a Sabinada na Bahia, a Balaiada no Maranhão e a Revolução Praieira em Pernambuco.
Somam-se a essas revoltas os problemas diplomáticos com a Inglaterra, que geraram ataques a embarcações brasileiras e detenção de marinheiros ingleses (Questão Christie), o combate com o ditador Rosas, que queria restaurar o antigo Vice-Reino da Prata e a Guerra do Paraguai, o maior confronto da nossa história.
Todos esses embates construíram o Brasil e, no pano de fundo deles, está a justiça militar, um campo historiográfico pouco explorado e imprescindível para a compreensão da história brasileira.
