Representação n. 1/1927

A 6ª CJM foi criada pelo Decreto n. 14.450, de 30 de outubro de 1920, abarcando os estados de Rio de Janeiro e Espírito Santo e o Distrito Federal, e composta por sete auditorias: quatro do Exército e três com jurisdição na Armada.
Pelo Decreto n. 17.231, de 26 de fevereiro de 1926, tornou-se a Primeira Circunscrição, composta pelos mesmos estados e cinco auditorias: três do Exército e duas da Armada. A Sexta Circunscrição passou a ser integrada pelos estados de Bahia e Sergipe, com sede em Salvador.
Com o Decreto n. 925, de 2 de dezembro de 1938, cada Região Militar correspondeu a uma Auditoria, com jurisdição cumulativa no Exército e na Armada, passando a ser a primeira Região.
Por fim, com o Decreto n. 1.003, de 21 de outubro de 1969, Lei de Organização Judiciária Militar, a Sexta Circunscrição foi composta por Bahia e Sergipe e se criou uma auditoria.

Mediante o Decreto n. 14.450, de 30 de outubro de 1920, que aprovou o Código de Organização e Processo Militar, foram criadas 12 (doze) Circunscrições Judiciárias, sendo a 8ª Circunscrição correspondente aos Estados de São Paulo e Goiás.
O Decreto n. 15.635, de 26 de agosto de 1922, que trouxe modificações ao Código de Organização e Processo Militar, manda observar o decreto anterior no tocante às Circunscrições Judiciárias.
Em 26 de fevereiro de 1926, o Decreto n. 17.231-A alterou para 11 (onze) Circunscrições Judiciárias, passando então a corresponder a 2ª Circunscrição aos Estados de São Paulo e Goiás.
Em 14 de julho de 1934, o Decreto n. 24.803, que modificou diversos artigos do Código de Justiça Militar anexo ao Decreto n. 17.231-A, de 26 de fevereiro de 1926, determinou que a 2ª Região Militar tivesse duas auditorias.
Em 2 de dezembro de 1938, com o Decreto-Lei n. 925, que estabeleceu o Código da Justiça Militar, as auditorias da 2ª Região Militar passaram a ter jurisdição em separado. Foram atribuídos à 1ª Auditoria da 2ª RM os processos relativos à Armada; e à 2ª Auditoria, os processos relativos ao Exército.
Em 16 de junho de 1971, mediante a Lei 5.661, foi criada a 3ª Auditoria da 2ª CJM. Essa Auditoria, posteriormente, foi extinta com o advento da Lei 8.719, de 19 de outubro de 1993.

Com o advento da República, deu-se a extinção do Conselho Supremo Militar e de Justiça. A Carta republicana de 1891 não inseriu, no título destinado ao Poder Judiciário, nenhuma referência à Justiça Militar, apenas prevendo, em seu artigo 77, foro especial para os crimes militares de terra e mar, preconizando a existência do Supremo Tribunal Militar e dos Conselhos destinados ao julgamento de delitos.
Segundo Bastos (1981), até 1893, a presidência do Conselho era exercida pelo chefe de Estado. Assim, pela presidência passaram o príncipe regente Dom João, os imperadores Pedro I e Pedro II e os marechais Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto.
Em 18 de junho de 1893, pelo Decreto Legislativo nº 149, foi regulamentado o Supremo Tribunal Militar, com a composição de quinze ministros, sendo quatro da Armada, oito do Exército e três togados. Também foi regulado, pelo mesmo decreto, o exercício da presidência do Tribunal, que coube ao "general" mais graduado que dele fizesse parte.
O Decreto nº 14.450, de 30 de outubro de 1920, que instituiu o Código de Organização Judiciária e o Processo Militar, reduziu a nove o número de ministros do Supremo Tribunal Militar, sendo dois da Armada, três do Exército e quatro togados, estes escolhidos entre os auditores de segunda entrância ou entre bacharéis em direito com seis anos de prática, de preferência magistrados. O mesmo decreto inovou ao prescrever a eleição do presidente e do vice-presidente da Corte. Em 1926, ocorreu nova alteração pelo Decreto nº 17.231-A, que instituiu o Código de Justiça Militar, aumentando o número de ministros para dez, agora três do Exército, dois da Armada e cinco entre magistrados e bacharéis em direito.
Foi a Constituição de 1934 que atribuiu ao Supremo Tribunal Militar o status de órgão do Poder Judiciário. Com isso, foi eliminada a competência administrativa, mantendo-se a função jurisdicional. Permaneceu, todavia, na esfera infraconstitucional o disciplinamento de sua estrutura e funcionamento. Nesse mesmo ano, o número de ministros foi, mais uma vez, aumentado, passando a onze (Decreto nº 24.803, de 14 de julho): quatro tirados entre os generais efetivos do Exército e três dentre os da Armada, e quatro civis, sendo três tirados entre os auditores e um entre os cidadãos de notável saber especializado em ciências sociais.
A criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, exigiu nova modificação na estrutura do Supremo Tribunal Militar para inclusão de integrantes daquela Força. O Decreto-Lei nº 4.235, de 6 de abril de 1942, manteve em onze o número de membros, sendo três do Exército, dois da Armada, dois da Aeronáutica e quatro civis.
Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.