Habeas Corpus n. 6.499/1932

Com o advento da República, deu-se a extinção do Conselho Supremo Militar e de Justiça. A Carta republicana de 1891 não inseriu, no título destinado ao Poder Judiciário, nenhuma referência à Justiça Militar, apenas prevendo, em seu artigo 77, foro especial para os crimes militares de terra e mar, preconizando a existência do Supremo Tribunal Militar e dos Conselhos destinados ao julgamento de delitos.
Segundo Bastos (1981), até 1893, a presidência do Conselho era exercida pelo chefe de Estado. Assim, pela presidência passaram o príncipe regente Dom João, os imperadores Pedro I e Pedro II e os marechais Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto.
Em 18 de junho de 1893, pelo Decreto Legislativo nº 149, foi regulamentado o Supremo Tribunal Militar, com a composição de quinze ministros, sendo quatro da Armada, oito do Exército e três togados. Também foi regulado, pelo mesmo decreto, o exercício da presidência do Tribunal, que coube ao "general" mais graduado que dele fizesse parte.
O Decreto nº 14.450, de 30 de outubro de 1920, que instituiu o Código de Organização Judiciária e o Processo Militar, reduziu a nove o número de ministros do Supremo Tribunal Militar, sendo dois da Armada, três do Exército e quatro togados, estes escolhidos entre os auditores de segunda entrância ou entre bacharéis em direito com seis anos de prática, de preferência magistrados. O mesmo decreto inovou ao prescrever a eleição do presidente e do vice-presidente da Corte. Em 1926, ocorreu nova alteração pelo Decreto nº 17.231-A, que instituiu o Código de Justiça Militar, aumentando o número de ministros para dez, agora três do Exército, dois da Armada e cinco entre magistrados e bacharéis em direito.
Foi a Constituição de 1934 que atribuiu ao Supremo Tribunal Militar o status de órgão do Poder Judiciário. Com isso, foi eliminada a competência administrativa, mantendo-se a função jurisdicional. Permaneceu, todavia, na esfera infraconstitucional o disciplinamento de sua estrutura e funcionamento. Nesse mesmo ano, o número de ministros foi, mais uma vez, aumentado, passando a onze (Decreto nº 24.803, de 14 de julho): quatro tirados entre os generais efetivos do Exército e três dentre os da Armada, e quatro civis, sendo três tirados entre os auditores e um entre os cidadãos de notável saber especializado em ciências sociais.
A criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, exigiu nova modificação na estrutura do Supremo Tribunal Militar para inclusão de integrantes daquela Força. O Decreto-Lei nº 4.235, de 6 de abril de 1942, manteve em onze o número de membros, sendo três do Exército, dois da Armada, dois da Aeronáutica e quatro civis.
Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.

A Lei n. 3.991, de 5 de janeiro de 1920, publicada no Boletim do Exército n. 286 na mesma data, autorizou a reorganização da Justiça Militar. Com isso, as Auditorias Militares puderam ser criadas.
Mediante o Decreto n. 14.450, de 30 de outubro de 1920, que aprovou o Código de Organização e Processo Militar, foram criadas 12 (doze) Circunscrições Judiciárias, sendo a 6ª Circunscrição correspondente aos Estados do Espírito Santo e Rio de Janeiro e o Distrito Federal.
O Decreto n. 15.635, de 26 de agosto de 1922, que trouxe modificações ao Código de Organização e Processo Militar, manda observar o decreto anterior no tocante às Circunscrições Judiciárias.
Em 26 de fevereiro de 1926, o Decreto n. 17.231-A alterou para 11 (onze) o número de Circunscrições Judiciárias, passando então a corresponder a 1ª Circunscrição ao Distrito Federal e aos Estados do Espírito Santo e Rio de Janeiro. Esse decreto estabeleceu ainda que a 1ª CJM tivesse cinco auditorias, sendo três do Exército e duas da Armada.
Com o advento do Decreto n. 24.803, de 14 de julho de 1934, ficou determinado que as Auditorias deveriam ter a denominação da respectiva Região Militar. Logo, as Auditorias da 1ª CJM passaram a se denominar Auditorias da 1ª Região Militar. Esse decreto estabeleceu ainda que a 1ª Região Militar tivesse cinco auditorias, sendo três do Exército e duas da Marinha.
O Decreto n. 925, de 2 de dezembro de 1938, determinou que, para a administração da Justiça Militar, haveria, em cada Região, uma Auditoria com jurisdição cumulativa no Exército e na Armada. Mas, na Capital Federal, sede da 1ª Região, ficou estabelecido que haveria cinco auditorias, três com jurisdição privativa para os processos do Exército e duas para os da Armada.
Em 21 de outubro de 1969, o Decreto n. 1.003 dividiu o território nacional em doze Circunscrições Judiciárias Militares, sendo a 1ª Circunscrição constituída pelos Estados da Guanabara, Rio de Janeiro e Espírito Santo, e as três auditorias relativas aos processos do Exército passaram a se denominar 1ª, 2ª e 3ª Auditorias do Exército da 1ª Circunscrição Judiciária Militar, mas sem alteração na sua área de jurisdição, conforme instrução dada pela Lei n. 5.661, de 16 de junho de 1971.
Em 19 de outubro de 1993, pela Lei n. 8.719, voltaram a ter a denominação de 3ª, 4ª e 5ª Auditorias da 1ª CJM.
Em 19 de dezembro de 2001, com o advento da Lei n. 10.333, a 5ª Auditoria da 1ª CJM foi extinta.