Inquérito do levante de 27 de novembro de 1935 de oficiais da Escola de Aviação Militar e 3º Regimento de Infantaria

Com a redemocratização, após o Estado Novo, a Corte castrense passou a se denominar Superior Tribunal Militar, por força da mudança promovida pela Carta Constitucional de 1946. Permaneceu na esfera ordinária o disciplinamento quanto à estrutura da Corte. Em 1961 foi instituído, pelo próprio Tribunal, o rodízio entre as três Armas na presidência do órgão.
O Ato Institucional nº 2, de 1965, modificou o texto da Constituição de 1946, ampliando para quinze membros a composição do STM, tal como no início do período republicano (Decreto nº 149/1893), sendo quatro do Exército, três da Marinha, três da Aeronáutica e cinco civis. A Constituição de 1967 incorporou o texto do AI-2, transferindo para o corpo constitucional o disposto sobre a composição do STM.
Em maio de 1965, ocorreu fato inédito na história da Corte: um ministro civil assumiu, ainda que interinamente, sua presidência. O ministro Washington Vaz de Mello ocupou o cargo por três meses, em virtude de doença do então titular, até a eleição do sucessor.
Sob a égide da Constituição de 1967, ficou definida a competência da Justiça Militar para julgar civis e assemelhados por crimes contra a Segurança Nacional. Também foi determinada a competência originária do Superior Tribunal Militar para julgar Governadores de Estado e seus Secretários nos crimes contra a Segurança Nacional.
Essa Carta previa a possibilidade de interposição do Recurso Ordinário ao Supremo Tribunal Federal das decisões proferidas contra civis, governadores e secretários de Estado (art. 122). Nesse período, a garantia do habeas corpus foi suspensa nos casos de crimes políticos contra a segurança nacional, a ordem econômica e social e a economia popular, por força do art. 10 do Ato Institucional nº 5, de 13 de dezembro de 1968.
A partir de então, não raras foram as vezes em que renomados juristas, a exemplo de Heleno Fragoso e Sobral Pinto e Evaristo de Morais, atuaram perante a Justiça Militar da União na defesa da liberdade de muitos perseguidos políticos.
A Emenda Constitucional nº 1 (artigos 127 a 129), sem alterar os conceitos básicos do Estatuto anterior, conferiu competência à Justiça Militar para julgar os delitos praticados por ou contra os milicianos, no exercício de serviço de policiamento.
Em 21/10/1969, foram editados os Decretos-lei nºs 1001 e 1002, respectivamente, Código Penal Militar e Código de Processo Penal Militar, ainda vigentes.
A composição do Superior Tribunal Militar, da mesma forma como dispunha o Ato Institucional nº 2, foi prevista no art. 128 da referida Emenda Constitucional nº 1: quinze Ministros vitalícios, nomeados pelo Presidente da República, depois de aprovada a escolha pelo Senado Federal, sendo três entre oficiais-generais da ativa da Marinha, quatro entre oficiais-generais da ativa do Exército, três entre oficiais-generais da ativa da Aeronáutica e cinco entre civis.
Com o advento da Constituição Federal de 1988, a estrutura da Justiça Militar da União passou a ser delineada pelos artigos 122 e 123, dispondo que são órgãos da Justiça Militar o Superior Tribunal Militar e os Tribunais e Juízes Militares instituídos por lei. A atual composição do STM é integrada por quinze Ministros vitalícios, nomeados pelo Presidente da República, depois de aprovada a escolha pelo Senado Federal, sendo três dentre Oficiais Generais da Marinha, quatro dentre Oficiais Generais do Exército e três dentre Oficiais Generais da Aeronáutica, todos da ativa e do posto mais elevado da carreira, e cinco civis, três advogados de notório saber jurídico e conduta ilibada, com mais de dez anos de efetiva atividade profissional e dois, por escolha paritária dentre juízes-auditores e membros do Ministério Público Militar.
No que diz respeito à competência dos órgãos da Justiça Militar, o caput do art. 124 da Constituição Federal estabelece que compete à Justiça Militar “processar e julgar os crimes militares definidos em lei”, delegando à legislação ordinária a organização, disposição, funcionamento e competência da Justiça Militar da União.
A organização e o funcionamento da Justiça Militar da União estão disciplinados pela Lei nº. 8.457, de 4 de setembro de 1992. No referido diploma, o artigo 1º define como órgãos da Justiça Militar da União: o STM; a Auditoria de Correição; os Conselhos de Justiça; os Juízes-Auditores; e os Juízes-Auditores Substitutos. Todas as Auditorias, bem como o STM, têm jurisdição mista, competindo-lhes, portanto, processar e julgar os crimes militares praticados por civis e/ou militares integrantes das Forças Armadas.