Apelação n. 11.569/1944

Com o advento da República, deu-se a extinção do Conselho Supremo Militar e de Justiça. A Carta republicana de 1891 não inseriu, no título destinado ao Poder Judiciário, nenhuma referência à Justiça Militar, apenas prevendo, em seu artigo 77, foro especial para os crimes militares de terra e mar, preconizando a existência do Supremo Tribunal Militar e dos Conselhos destinados ao julgamento de delitos.
Segundo Bastos (1981), até 1893, a presidência do Conselho era exercida pelo chefe de Estado. Assim, pela presidência passaram o príncipe regente Dom João, os imperadores Pedro I e Pedro II e os marechais Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto.
Em 18 de junho de 1893, pelo Decreto Legislativo nº 149, foi regulamentado o Supremo Tribunal Militar, com a composição de quinze ministros, sendo quatro da Armada, oito do Exército e três togados. Também foi regulado, pelo mesmo decreto, o exercício da presidência do Tribunal, que coube ao "general" mais graduado que dele fizesse parte.
O Decreto nº 14.450, de 30 de outubro de 1920, que instituiu o Código de Organização Judiciária e o Processo Militar, reduziu a nove o número de ministros do Supremo Tribunal Militar, sendo dois da Armada, três do Exército e quatro togados, estes escolhidos entre os auditores de segunda entrância ou entre bacharéis em direito com seis anos de prática, de preferência magistrados. O mesmo decreto inovou ao prescrever a eleição do presidente e do vice-presidente da Corte. Em 1926, ocorreu nova alteração pelo Decreto nº 17.231-A, que instituiu o Código de Justiça Militar, aumentando o número de ministros para dez, agora três do Exército, dois da Armada e cinco entre magistrados e bacharéis em direito.
Foi a Constituição de 1934 que atribuiu ao Supremo Tribunal Militar o status de órgão do Poder Judiciário. Com isso, foi eliminada a competência administrativa, mantendo-se a função jurisdicional. Permaneceu, todavia, na esfera infraconstitucional o disciplinamento de sua estrutura e funcionamento. Nesse mesmo ano, o número de ministros foi, mais uma vez, aumentado, passando a onze (Decreto nº 24.803, de 14 de julho): quatro tirados entre os generais efetivos do Exército e três dentre os da Armada, e quatro civis, sendo três tirados entre os auditores e um entre os cidadãos de notável saber especializado em ciências sociais.
A criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, exigiu nova modificação na estrutura do Supremo Tribunal Militar para inclusão de integrantes daquela Força. O Decreto-Lei nº 4.235, de 6 de abril de 1942, manteve em onze o número de membros, sendo três do Exército, dois da Armada, dois da Aeronáutica e quatro civis.
Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.

Com o advento do Decreto n. 24.803, de 14 de julho de 1934, ficou determinado que as Auditorias deveriam ter a denominação da respectiva Região Militar.
O Decreto n. 925, de 2 de dezembro de 1938, determinou que, para a administração da Justiça Militar, haveria, em cada Região, uma Auditoria com competência acumulada para as três Forças.

A Primeira Guerra Mundial (1914-1918) abalou os ideais dos amantes do liberalismo, do progresso e do imperialismo. A necessidade de mudança era visível e duas propostas surgiram na Europa, a fim de acabar com a crise do modelo existente. A primeira foi criada ainda durante a Grande Guerra: na Rússia, Lênin e seus companheiros implementaram um modelo de sociedade baseado no pensamento de Marx. A segunda foi o fascismo, que se consolidou com a chegada de Mussolini ao poder, em 1922, na Itália, e com Hitler, em 1933, na Alemanha.
O Brasil não passou incólume a esses novos acontecimentos mundiais: o fascismo europeu é aderido pela Ação Integralista Brasileira (AIB). O marxismo é personalizado na Aliança Nacional Libertadora (ANL), que se fortalece com a adesão do Partido Comunista Brasileiro (PCB).
Na década de 1920, os militares se mantêm cada vez mais articulados, prova disso são o Movimento Tenentista e a Coluna Prestes. Em 1930, uma junta militar derruba o presidente Washington Luís e governa o Rio de Janeiro por dez dias até passar o poder a Getúlio Vargas.
Vargas, em 1932, enfrenta uma revolta constitucionalista em São Paulo. Em 1935, os comunistas tentam tomar o poder no Rio Grande do Norte, no Rio de Janeiro e em Recife. Após a tentativa de golpe por parte da esquerda, a justiça militar ganha um novo órgão: o Tribunal de Segurança Nacional.
Em 23 de novembro de 1935, no Rio Grande do Norte, se inicia uma tentativa de golpe por parte da esquerda: a Intentona Comunista. Natal é tomada pelos revolucionários e retomada pelo governo em quatro dias. Rebeliões se seguem no Rio de Janeiro e em Recife, resultando em mortes e no fracasso do movimento.
Acontecimentos extremos acarretam medidas extremas: em 11 de setembro de 1936, é criado o Tribunal de Segurança Nacional (TSN), pela Lei n. 244. Esse órgão da justiça militar passa a processar e julgar, em primeira instância, as pessoas acusadas de promover atividades contra a segurança externa do país e contra as instituições militares. Funcionou até 17 de novembro de 1945, quando foi extinto por meio da Lei Constitucional n. 14.