Apesar da anistia concedida por JK aos militares envolvidos na Revolta de Jacareacanga em fevereiro de 1956, o clima de insatisfação e de conspiração contra o governo continuou, sobretudo na Aeronáutica. A Revolta de Aragarças, que eclodiu em 2 de dezembro de 1959, começou a ser articulada em 1957. A nova conspiração teve a participação do ex-líder de Jacareacanga, tenente-coronel aviador Haroldo Veloso, e de dezenas de outros militares e civis, entre os quais o tenente-coronel João Paulo Moreira Burnier, que foi o seu principal líder.

Partindo do Rio de Janeiro, com três aviões Douglas C-47 e um avião comercial da Panair sequestrado (primeiro sequestro de avião no país), e de Belo Horizonte, com um Beechcraft particular, os rebeldes rumaram para Aragarças, em Goiás. Pretendiam bombardear os palácios Laranjeiras e do Catete, no Rio, e ocupar também as bases de Santarém e Jacareacanga, no Pará, entre outras.

Carlos Lacerda era considerado um aliado do movimento, porém nesse caso não apoiou os integrantes da revolta e ainda os denunciou. Essa contribuição de Lacerda é fundamental para que os revoltosos ficassem praticamente isolados, facilitando o rápido abafamento da revolta que durou apenas 36 horas.

BRASIL. Superior Tribunal Militar. JMU na História - Revolta de Aragarças. Disponível em: https://stm.jus.br/o-stm-stm/jmu-na-historia/acontecimentos/item/1494-revolta-de-aragarcas. Acesso em: 08 Ago. 2018.

COSTA, Célia Maria Leite. O Brasil de JK - Revolta de Aragarças. Fundação Getúlio Vargas (FGV) : CPDOC. Disponível em: http://cpdoc.fgv.br/producao/dossies/JK/artigos/Politica/Aragarcas. Acesso em: 26 set. 2017.