Apelação n. 1/1918

Com o advento da República, deu-se a extinção do Conselho Supremo Militar e de Justiça. A Carta republicana de 1891 não inseriu, no título destinado ao Poder Judiciário, nenhuma referência à Justiça Militar, apenas prevendo, em seu artigo 77, foro especial para os crimes militares de terra e mar, preconizando a existência do Supremo Tribunal Militar e dos Conselhos destinados ao julgamento de delitos.
Segundo Bastos (1981), até 1893, a presidência do Conselho era exercida pelo chefe de Estado. Assim, pela presidência passaram o príncipe regente Dom João, os imperadores Pedro I e Pedro II e os marechais Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto.
Em 18 de junho de 1893, pelo Decreto Legislativo nº 149, foi regulamentado o Supremo Tribunal Militar, com a composição de quinze ministros, sendo quatro da Armada, oito do Exército e três togados. Também foi regulado, pelo mesmo decreto, o exercício da presidência do Tribunal, que coube ao "general" mais graduado que dele fizesse parte.
O Decreto nº 14.450, de 30 de outubro de 1920, que instituiu o Código de Organização Judiciária e o Processo Militar, reduziu a nove o número de ministros do Supremo Tribunal Militar, sendo dois da Armada, três do Exército e quatro togados, estes escolhidos entre os auditores de segunda entrância ou entre bacharéis em direito com seis anos de prática, de preferência magistrados. O mesmo decreto inovou ao prescrever a eleição do presidente e do vice-presidente da Corte. Em 1926, ocorreu nova alteração pelo Decreto nº 17.231-A, que instituiu o Código de Justiça Militar, aumentando o número de ministros para dez, agora três do Exército, dois da Armada e cinco entre magistrados e bacharéis em direito.
Foi a Constituição de 1934 que atribuiu ao Supremo Tribunal Militar o status de órgão do Poder Judiciário. Com isso, foi eliminada a competência administrativa, mantendo-se a função jurisdicional. Permaneceu, todavia, na esfera infraconstitucional o disciplinamento de sua estrutura e funcionamento. Nesse mesmo ano, o número de ministros foi, mais uma vez, aumentado, passando a onze (Decreto nº 24.803, de 14 de julho): quatro tirados entre os generais efetivos do Exército e três dentre os da Armada, e quatro civis, sendo três tirados entre os auditores e um entre os cidadãos de notável saber especializado em ciências sociais.
A criação do Ministério da Aeronáutica, em 1941, exigiu nova modificação na estrutura do Supremo Tribunal Militar para inclusão de integrantes daquela Força. O Decreto-Lei nº 4.235, de 6 de abril de 1942, manteve em onze o número de membros, sendo três do Exército, dois da Armada, dois da Aeronáutica e quatro civis.
Com a Carta Magna de 1946 e a redemocratização do Brasil após o Estado Novo, nasce o Superior Tribunal Militar, que teve importantíssima atuação durante a Revolução de 1964.

A volta de Dom Pedro I (abdicação) à Portugal para restaurar os poderes de sua filha, Maria da Glória, deixa o Brasil em uma situação complicada: seu filho, Pedro, não possui a idade de 18 anos, exigida para se tornar Imperador de acordo com a Constituicão de 1824. Segundo a Carta Magna, na ausência de um monarca, é necessário formar uma regência composta de três membros. Tem início, então, a Regência.
Esse período, anterior à criação do Conselho, caracteriza-se por inúmeras revoltas provinciais e por problemas diplomáticos com a Inglaterra. No plano nacional, as revoltas se iniciam em 1832 com a Abrilada e com a Guerra dos Cabanos, movimentos revolucionários que exigiam a volta de Dom Pedro I. Este morre em 24 de setembro de 1834, pondo fim ao ímpeto das agitações.
A instabilidade interna, todavia, continua com a Guerra dos Farrapos (1835-1845) no Rio Grande do Sul, com a Sabinada (1837) na Bahia, com a Balaiada (1838) no Maranhão e com a Revolução Praieira (1848) em Pernambuco. Cada revolta, além de gerar enfraquecimento do poder central, exigia mudanças que correspondiam aos desejos locais/regionais e, em alguns casos, à própria independência do território.
No plano internacional, a Inglaterra exigia do Brasil o fim do tráfico de escravos desde 1831. A exigência inglesa se tornou mais dura a partir da lei Bill Aberdeen de 1846, com ela os ingleses passaram a considerar qualquer navio negreiro um navio pirata, logo deveria ser afundado. A inércia, por parte dos brasileiros, fez, entre 1845 e 1851, 368 embarcações brasileiras serem destruídas. Somente com a lei Eusébio de Queiroz, o tráfico realmente foi controlado, apesar de ainda continuar existindo.
Nesse contexto instável, nasce o Conselho de Guerra, criado pela lei nº 562 de 2 de julho de 1850. O órgão seria responsável por analisar os crimes militares em primeira instância. Sua criação está diretamente associada à tentativa de tornar a justiça castrense mais célere, em um ambiente conturbado no qual era cada vez mais exigida e pecava pela ausência de códigos e regulamentos bem definidos.